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历史所成立于1985年8月1日,为清华大学人文社会学院第一个成立的研究所,最初开设硕士课程。1996年起,加开博士课程。硕士班分以下四组,博士班则不分组。
甲组:一般史
甲组的教学与研究,主要领域为:中国中古性别史,隋唐五代制度与士人文化,宋代教育与文化,宋代社会文化,明清社会文化,台湾史,近世国家发展等。
乙组:科技史与科技传播
乙组的教学与研究,主要领域为:科技史,医疗史,农桑史,手工业史,网路传播,博物馆学等。
丙组:科技与社会(2009年起不再招生)
丁组:近世中国与多元文化
丁组系与中研院合作之学程,主要教学与研究领域为:蒙元社会,季风亚洲,帝国与图像,都市文化,欧洲与近世东亚,近代汉学与物资文化史,海洋史,中西文化交流等。