历史学系创立于民国五十八年，六十一年增设夜间部。民国七十四年成立历史语言研究所，包括中文，历史两组。八十二年两组各自独立，历史组改名历史研究所，招收硕士班研究生。八十六年博士班开始招生。
因应社会变迁，夜间部于八十六年改为进修推广部，八十九年停止招生;九十二年起开始招收夜间上课的硕士在职专班，九十九学年度因阶段性推广教育任务完成，奉准停止招生。现有大学部，硕士班和博士班。
历史学系座落于府城台南的国定古迹成大文学院旧馆，原址为日军步兵第二联队营舍，是全台唯一拥独立系馆的历史系。因地缘之便，历史学系在1970年代曾与美国哈佛大学燕京学社合作，进行台湾史研究，为国内各大学台湾史研究先驱。教学相长的史迹勘考活动，搜集许多台湾历史文物，部分收藏于「成功大学历史文物馆」。让以历史文物馆为主的教学与活动亦成为历史学系特色之一。
历史学系师资阵容坚强，研究与教学领域多元。以地理区域分类，涵盖台湾，中国，东北亚日本，东南亚，以及希腊，罗马，英国，法国，爱尔兰，德国史等。以中国断代区分，重点则分布在先秦，魏晋，宋元，明清以及民国史。以台湾为核心的研究，则以经济，商业，艺术，文学，文化，殖民史为焦点。此外，从专史或议题的研究取向而言，则涉及经济史，社会史，宗教史(佛教，道教，基督教)，思想史，艺术史，妇女史，影视史学，口述历史，历史教育，史学理论，公众史学，生态史，人与动物关系史，西洋史学史，以及西洋科技史与医疗史等领域。
